योगशास्त्रावरील श्री मच्छिंद्रनाथ आणि श्री गोरक्षनाथांची सत्ता असामान्य होती. समाधीयोग, आत्मबोध, नाद्ब्रम्ह, बिंदूब्रम्ह, शून्यतत्व आणि निरंजन तत्व ह्या सर्वांचे ज्ञान आणि अनुभूती त्यांच्यात परिपूर्णतेने स्थित होती. त्यांच्या ग्रंथसंपदेत ह्याचा पदोपदी प्रत्यय येतो. अद्वयतारक उपनिषद, मंडलब्राम्हण उपनिषदांत उल्लेखिलेले अमूर्त तारकयोग, उत्तरतारक योग, अमनस्क योग हा तर नाथांच्या विशेष अभ्यासाचा विषय होता. चक्रभेदन शून्यभेदनादी अवस्थामधून शिवशक्तीरूप सामरस्य कसे प्रत्यक्षात साधता येते हे ह्या दोन्ही नाथांनी दाखवून दिले. ते ज्ञान आपल्या मोजक्या शिष्यांना काहीही संकोच न करता, त्यांच्या योग्यतेनूसार दिले. ज्ञानमार्गातील निर्गुणावस्थेच्या अत्यंत अवघड मार्गावर त्यांनी योग्य अशा शिष्य वर्गाला मार्गदर्शन केले. बौद्धांच्या शून्यतत्वाच्या पलीकडे अतिशून्य, महाशून्य, सर्वशून्य ह्या अवस्थांचा भेद करून ब्रम्हरंध्रातील निजवस्तू -सत्य कसे अनुभवावे ह्यावर त्यांचे प्रभुत्व होते. ज्ञान, योग अर्थातच ध्यान ह्या योगांचा समन्वय त्यांनी साधला. तथापी प्रत्येकाच्या कुवतीप्रमाणे आणि पिंडानुसार त्यांनी साधना आणि आचरणाचे नियम घालून दिले. नाथांची विचारधारा फार सखोल होती. द्वैत-अद्वैतापर्यंतच ते थांबले नाहीत. त्याचाही पलीकडे असलेले "द्वैताद्वैत विलक्षण" नाथतत्व त्यांनी तत्ववेत्त्यांपुढे ठेवले.

मानवी देह कुठल्याही आश्रमात असो - ब्रम्हचर्याश्रम, गृहस्थाश्रम, वानप्रस्थाश्रम, अगर संन्यासाश्रम, ह्या प्रत्येक जीवन प्रणालीला उपयुक्त अशी साधना त्यांनी सांगितली. त्यांची धर्म संकल्पनाच वेगळी होती. प्रत्येक आश्रम हा त्यांनी धर्मच मानला होता. उन्नत करणारे जीवनाचे कार्य, आचार-विचार विवेक पद्धती हाच धर्म त्यांनी मानला. परंतु ती व्याख्या संकुचित कधीच नव्हती. त्यात मानवधर्म हाच अभिप्रेत होता. तो सर्वांसाठी होता आणि विश्वात्मक होता. प्रेमाच्या, समतेच्या आणि विश्वभावाच्या अभेद्य शिलेवर स्थित असलेला तो परिपूर्ण असा नाथांना अभिप्रेत असलेला मानवधर्म होता आणि आहे. नाथांनी कालमानाप्रमाणे कार्याची योजना केली. दृष्टेपणाने केली, हे वर नमूद केलेच आहे. कालाच्या स्थित्यंतरांत जीवन पद्धतीत अमूलाग्र बदल झाले. अस्थिरता वाढली. अशा परिस्थितीत योगाचरण अशक्य नाही, परंतू फारच अवघड झाले म्हणून नाथांनी पूर्वापार सिद्ध असलेल्या भक्तिमार्गाला चालना दिली.